SCHUTZPATRONIN der Kirche ist die heilige MARGARITA, eine Märtyrerin aus Antiochien in Kleinasien. Ihr Namensfest wird am 20. Juli gefeiert.
Im Ilzstädter Landtag wurde Lembach unter jene Orte aufgenommen, in denen der Bischof von Passau persönlich zu Gericht sitzen musste.
1280 war Sarleinsbach bereits eine selbständige Pfarre, zu deren Bereich auch das Gebiet von Lembach gezählt wurde.
Bei den Hussiten-Einfällen im Jahre 1427 wurde die "Kapelle" zerstört und später wieder aufgebaut sowie im Jahre 1490 im spätgotischen Stil erweitert.
1467 wird in einem päpstlichen Dekret eine "ST.MARGARETHEN –KAPELLE" genannt. In diesem Dokument heißt es auch, dass bis dato der BENEFIZIANT vom Bischof in Passau mit 24 Pfund jährlich entlohnt wurde. Ab nun müsse für diesen Betrag das Pfarrvolk aufkommen.
Wann die spätgotische Kirche erbaut wurde, ist nicht bekannt. Ein Rest eines gotische Spitzbogenfensters ist in der Kirchenmauer eingelassen.
1490 wurde der Frauenaltar consekriert, 1660 das Gotteshaus vergrößert.
1672 erfolgte die Erhebung zu einem PFARRVIKARIAT, einem Seelsorgebereich mit pfarrlichen Rechten ( Matrikenführung ). Dieser Zustand dauerte bis zum Ende des 19. Jahrhunderts. Seit ungefähr 100 Jahren ist Lembach eine selbständige Pfarre.
1688 brannte die Kirche nieder und wurde in der Folge in barockem Stil erneuert.
Bei einem weiteren Brand am 24. August 1809 stürzte das Gewölbe des Mittelschiffes ein, die ganze Einrichtung ging zu Grunde, sogar die Monstranz verschmolz im Tabernackel. In einfachem Stil wurde die Kirche wieder aufgebaut und ärmlich ausgestattet. Erst im Jahre 1858 wurde eine Orgel installiert.
Die größten Verheerungen richtete der letzte Brand am 5. August 1876 an. Neben 32 Häusern wurde auch die Kirche ein Raub der Flammen.
Die Orgel, die Glocke und die Kircheneinrichtung wurden zerstört. Nur das Altarbild und die 1855 gemalten Kreuzwegbilder konnten gerettet werden. Unter großen Opfern wurde die einschiffige Kirche neu eingerichtet und der 36 m hohe Turm restauriert.
Im 1. und im 2. Weltkrieg mussten die Glocken abgeliefert werden. Seit 1954 hängen wieder fünf Glocken im Turm.
Da die Kirche für die 1500 Katholiken der Pfarre schon 1930 zu klein war, wurde 1965 die südliche Kirchenwand 14 Meter weit aufgerissen und der Hauptkirchenraum in einer Tiefe von 19 Meter und einer Breite von 18 Meter nach Süden erweitert. Planer war der Linzer Dombaumeister Arch. Dipl. Ing. Gottfried Nobel. Den Umbau führte Baumeister Otto Kumpfmüller durch.
Am 15. August 1966 weihte Hochw. Diözesanbischof Dr. Dr. Franciscus Salesius Zauner den erweiterten Kirchenraum ein und schloss Reliquien von Heiligen im Altartisch ein.
Sechs Jahre später, am 26. November 1972, weihte Generalvikar Prälat Ferdinand Weinberger die teilweise erneute Orgel.
Zentrum des Gotteshauses ist der von allen Seiten gut einsehbare Altar aus schwarzem Marmor. Vor diesem steht ein in Silber gefertigtes Vortragskreuz.
Der von Franz Premetshofer aus Stahl gefertigte und vergoldete Tabernakel steht frei auf einer Marmorsäule. Dahinter brennt an der Wand das ewige Licht.
Besonders farbenprächtig wirken die von Lydia Roppolt in der Werkstätte Schlierbach geschaffenen Betonglasfenster.
Hinter dem Taufbecken hängt ein Christusbild, das an die Visionen erinnert, die Schwester Faustyna Kowalska im Jahre 1931 in einem Kloster in Plock (Polen) hatte.
Zwischen einer barocken Josefsstatue mir dem Jesuskind und einer Marienstatue, die GR Pfarrer Pilz aus Fatima mitbrachte, hängt eine Dreifaltigkeitsgruppe, "Gnadenstuhl" genannt, eine beliebte Darstellung im Mittelaltar.
Das Erlösungswerk des Dreifaltigen Gottes wird in Kurzform bildlich dargestellt.
In der ehemaligen Apsis umrahmen 14 Kreuzwegbilder eine Kreuzigungsgruppe mit Maria und Johannes.
In der Werktagskapelle stand von dem Gastwirt Heinrich Lindengrün in Auftrag gegebene steinerne Marienstatue, welche bis 1950 auf einem Sockel des Prangers auf dem Marktplatz. Seit Fertigstellung des neuen Pfarrzentrums steht sie dort im Foyer.
1988 wurde der Zwiebelturm neu eingedeckt und das Turmkreuz vergoldet.
Im Jahr 2007 wurden zahlreiche Renovierungsarbeiten sowohl innen als auch außen an der Pfarrkirche durchgeführt.